La Jurisdicción de Lago San Pedro se conformó inicialmente como caserío por el año 1970 y los primeros fundadores corresponden a los nombres de: Alfonso Narváez, Miguel Narváez, Galo Narváez, José Jaya, Pedro Rosillo, Xavier Rosillo, Ángel Gaona, Pío Cruz y Raúl Rosillo cada uno de los nombrados contaba con sus familias y emigraron de las provincias de Imbabura y Loja.

Todos llegaron a este lugar en busca de mejores días para sus familias, seguidamente se organizaron y comenzaron a linderar sus fincas en cuyas tareas se encontraron con un cuerpo de agua que hoy conocemos como Lago San Pedro, dentro del proceso de conformación de la comunidad los colonizadores decidieron asignar 50 hectáreas para el centro poblado.

Con el paso de algunos meses se reúnen en sesión general  para elegir la directiva de la Cooperativa que le dio el nombre de Lago San Pedro, siendo su primer presidente el señor Pedro Rosillo, le llamaron así por la presencia del hermoso Lago que se encuentra aquí, además otros emigraron de diferentes regiones del país para asentarse en este sector; en vista de su crecimiento vieron la necesidad de realizar gestiones para la creación de una escuela  que inició su funcionamiento en el año 1979 con el profesor Oscar Carpio, la gestión continuó logrando conseguir en la Dirección Provincial de  Educación  de Napo en el año de 1981 la Fiscalización de la institución que nació con el nombre de Escuela “Patria” . Los años transcurrían y San Pedro continuaba en el proceso de crecimiento, en tanto las necesidades de la comunidad se incrementaban por lo que el rasanteo de vías se hizo una necesidad atendida en las administraciones del alcalde Dr. Abelardo Becerra y Sr. Adolfo Bárcenas, con las vías aperturadas a partir del año 1994 se gestionó la consecución de la electrificación y otras obras más dentro de las administraciones de lo que antes fue la prefectura de la provincia de Napo a donde pertenecía la comunidad de Lago San Pedro.

El lunes 30 de julio del año 1998 la comunidad de Lago San Pedro deja de serlo y en su lugar se crea oficialmente la Parroquia con el mismo nombre.